Von den Küstenschutzflottillen abgesehen wurde im Dezember 1941 die erste mit deutschen Besatzungen bemannte Flottille, die 21. U-Bootjagdflottille aufgestellt. - Zum Verband
der 21. U-Jagdflottille gehörten auch die in der Ägäis eingesetzten Minenschiffe "BULGARIA", "DRACHE" und "ZEUS" sowie die Hilfsminenschiffe "OTRANTO", "ALULA" und "GALLIPOLI"
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Am 21.3.1942 wurde der ehem. griechische Zerstörer "HERMES" (ZG 3) in Dienst gestellt. Der Zerstörer wurde im Laufe des Krieges auch zum Geleitschutz nach Afrika eingesetzt und dort dem Deutschen Marinekommando Italien unterstellt.
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Ab Spätsommer 1943 wurden in der Ägäis Schnellboote eingesetzt, vornehmlich die 21. und 24. S-Bootflottille. - Zur Eroberung der Insel Kos und weiterer Inseln wurde für kurze Zeit die 3. Schnellbootflottille eingesetzt.
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Die Unterseeboote im Mittelmeer waren dem FdU Italien/FdU Mittelmeer operativ und truppendienstlich unterstellt. Aufgelöst wurde die Dienststelle im September 1944. Zu dieser Zeit befanden sich noch 3 U-Boote im östl. Mittelmeer, die dem Admiral Ägäis unterstellt wurden.
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In Piräus war die zum Netzsperrverband gehörende Netzsperrflottille Süd stationiert.
In der Ägäis befanden sich außerdem die Lazarettschiffe  "GRADISCA" und "BONN" sowie der Krankentransporter "SAN GUISEPPE".